Ó marxe da diocese de época sueva, está documentado que en Bretoña existiu un mosteiro e unha igrexa medieval da que se conservan algúns restos soterrados a pouca profundidade e unha inscrición no interior do muro sur da construción actual. Polas visitas pastorais dos anos 1388 e 1456, sabemos que a igrexa tiña entón dous altares (o maior de Santa María e o outro de Santa Catalina, cada un cos seus respectivos tabernáculos e imaxes votivas que entón estaban sen pintar), dúas campás (unha grande e outra pequena), e dúas pías (unha bautismal e outra de auga bieita). A primeira descrición da súa estrutura xeral proporciónaa Prudencio de Sandoval (1615):
«la Iglesia parrochial que es antiquissima, y con tres naues, y claustros, se llama Santa Maria de Bretoña: y es muy recibido en toda aquella tierra, que fue en tiempos antiguos Iglesia Episcopal».
Ó parecer, a estrutura medieval sustentábase cun sistema de columnas sen arcos que caeu na segunda metade do século XVII, o que propiciou numerosas reformas. A fundación da capela de San Juan Bautista tivo lugar en 1667, e unha inscrición do muro suroeste lembra que en 1686 comezou a construción dos pilares e os arcos, os cales se reformarían novamente en 1784 adherindo tres contrafortes exteriores en cada lado. O aspecto actual do campanario data do 1773; sen embargo, o esencial da torre xa existía antigamente separada algúns metros da igrexa:
«A pocos pasos distante de la Iglesia se halla una torrecilla hueca, elevada diez varas de el plano, en que està puesta; remata en forma de campanario, y en ella està la campana mayor de la Parroquia: promete mas antigueda que la Yglesia, y puede ser residuo de los edificios primitibos, porque la cal argamasa, o betùn que enlaza sus pizarras, se estrechò tan intimamente con ellas, que parecen de una misma naturaleza en el color, y consistencia.» (Villaamil Saavedra, 1763)
No século XIX, a torre xa estaba integrada no corpo do templo, o cal fora ampliado cun pórtico que sobresaía algúns metros por diante dela.
«Esta iglesia está dividida en tres naves de Poniente a Oriente por tres muros rectos y en cada uno tres arcos de medio punto que arrancan de columnas cuadrangulares, y de Norte a Sur correspondiendo con dichos arcos, otros tres en cada nave, también de medio punto. / En el ángulo Sur y Poniente se levanta la torre, fabricada como los arcos citados, en la última mitad del s. XVIII. / Esta iglesia no tiene ábside y se halla decorada con cinco altares. […] Los tragaluces han sido ensanchados y hechos de nuevo en el presente siglo, a excepción de uno, en la parte Norte, formado con una solera y un dintel sencillos, y dos miembros cada uno de una sola pieza, que dejan un hueco igual de tres cuartos menos una pulgada de alto, y cuatro y dos líneas de ancho, sin señales algunas de haber tenido, ni tener hoy, ni moldura ni alguna otra decoración.» (Félix Álvarez Villaamil, 1877).
Instalado o primeiro reloxo da torre cara o ano 1930, no campo da festa que hai acarón da igrexa construirase a finais da primeira metade do século XX un palco que apenas durará un par de décadas.
A última reforma importante do templo levouna a cabo o arquitecto Vicente García Lastra a finais da década de 1950: eliminouse o pórtico que se adiantaba máis aló da torre, eleváronse os muros introducindo novas vigas, ampliáronse as ventás e renováronse outras instalacións coma o coro e o presbiterio.